Για το σύνολο του προγράμματος τα τέλη φοίτησης ανέρχονται σε δύο χιλιάδες ευρώ (2000€). Το ποσό των 2000€ κατατίθεται σε τρεις δόσεις, στην αρχή του Α΄, του Β΄ και του Γ΄ εξαμήνου σπουδών.
Η καταβολή των τελών φοίτησης γίνεται στον Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας (ΕΛΚΕ) του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης, ο οποίος είναι αρμόδιος για τη διαχείρισή τους, και πραγματοποιείται από τον ίδιο τον φοιτητή ή από τρίτο φυσικό ή νομικό πρόσωπο για λογαριασμό του φοιτητή, κατά τις υποδείξεις του ΕΛΚΕ ΔΠΘ.
Στο ΠΜΣ παρέχεται η δυνατότητα απαλλαγής από τα τέλη φοίτησης σε φοιτητές/τριες που πληρούν τα οικονομικά κριτήρια σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία, όμως αυτό δεν εφαρμόζεται σε πολίτες τρίτων χωρών.
Ο συνολικός αριθμός των φοιτητών/τριών που φοιτούν δωρεάν στο ΠΜΣ δεν δύναται να υπερβαίνει τον αριθμό που αντιστοιχεί στο τριάντα τοις εκατό (30%) του συνόλου των εγγεγραμμένων φοιτητών/τριών ανά ακαδημαϊκό έτος.